相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极大限制学术的交流。而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果。

所谓的 GO，是生物学功能注释的一个标准词汇表术语（GO term），将基因的功能分为三部分：

不同的 GO term 通过有向无环图关联起来，如下图所示：

可以看出，不同的 GO term 间的关系由三类：is_a、part_of 和 regulates。

如 regulation of cell projection assembly 是一种生物学过程，是 regulation of cell projection organization 中的一类（is_a），还调节（regulates）cell projection assembly；又如 cellular component assembly 是 celluar component biogenesis的一部分（part_of）。值得注意的是，这些关系都是有方向的，即反过来不成了，因而叫做有向无环图。

目前，GO 注释主要有两种方法：

这里以序列相似性比对为例，简单介绍 GO 注释的步骤：

将基因序列与 swiss-prot 蛋白质数据库进行 BLAST （blastp 或者 blastx）比对，得到如下结果：

其中，第二列 swiss-prot 蛋白质数据库序列的 ID（UniProtKB ID）。

从 ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping 下载 idmapping.tb.gz，该文件共有 22 列（tab 键分割）：

每一列的含义分别为 （可以看出，许多数据库已经和GO关联了）：

根据文件 idmapping.tb.gz，将 blast 的结果，通过 UniProtKB ID，将第八列的 GO 号注释到对应的基因上。

结果如下：

拓展阅读：